设定：御刃者可以和核心水晶进行调谐（抽卡），得到自己的神奇宝贝…哦不，异刃，御刃者死后异刃会重新变为核心水晶，再次调谐后会失去记忆（所以有的异刃会写下自己的日记，方便查看以前的事）
第一章——相遇
主角莱克斯是一个以打捞为业少年，住在巨神兽「青龙」背上（人们生活在云海之上，称之为幽界，大型巨神兽相当于是陆地，青龙爷爷这种小型巨神兽相当于一条会飞的船）。
莱克斯和青龙
有一天收到委推，要去一条古代船上打捞东西，认识了委托人，也就是伊拉组织成员「尼娅」、「灭」、「真」。
莱克斯没告诉青龙爷爷就直接和委托人一起去古代船了。进到船里后，他们找到了天之圣杯——「焰」，莱克斯想去摸焰的剑的时候，被真给戳死了。
当莱克斯醒来的时候，发现自己在一片田野上，旁边是焰，焰告诉他这里是她记忆中的乐园，她想回去，便让莱克斯带她回去，焰将自己的核心水晶一分为二，让莱克斯重生。
莱克斯和焰一起与灭战斗，尼娅觉得灭和真的做法有问题，想要帮莱克斯，在打不过的时候，青龙爷爷飞过来帮忙，带着他们跑了。
第二章——机械人偶
青龙爷爷飞到古拉，掉在森林里，所有人都分散了，莱斯克醒来后和焰一起去找青龙，发现青龙倒在地上快不行的样子，以为青龙要挂了，莱克斯非常伤心。
然后青龙没死，只是退化成了幼体的模样。找到青龙后一行人又去找到了尼娅和她的异刃白虎。
古拉刚好是尼娅的故乡，尼娅决定到镇上就分开，想回到真那里。
到镇上后因为被通缉，跑来跑去还是被发现了，遇到了帝国最强异刃——「迦具土」，虽然她的御刃者不在，但还是能吊打，尼娅被捕，莱克斯也被迦具土的火包围了。
突然一个导弹打到了水管上，把火给扑灭了，莱克斯和焰一起发大招攻击，然后赶紧跑掉了。
跑着跑着遇到了一个诺彭族——「虎」，虎说刚才的导弹是我发射的，你们快叫爸爸，哦不，是跟着他走，众人一起到了虎的家里。
莱克斯想去救尼娅，可是又打不过，虎说他不能和异刃调谐（就是看脸抽卡获取异刃的方式），于是造了一个人造异刃（富人靠科技）——「花」。
一行人到牢里救出了尼娅和白虎，逃跑的时候遇到了「梅勒芙」，就是迦具土的御刃者，又是同样的打不过，莱克斯看到水箱，想办法把水箱弄破，浇灭了火焰，又跑了。
第三章——战争
一行人想去世界树，然后去到乐园，于是在造船厂那弄了条船前往世界树，可是被守护的「海蛇」拦下，然后又被巨神兽「英维迪亚」吞了下去（和古拉一样也是住人的地方）。
莱克斯他们想跑出去，路上遇到了一群强盗，又是打不过（哪哪都打不过……），然而强盗头领没杀他，原来他是雇佣兵团的老大——「凡达姆」。
凡达姆教了莱克斯异刃的技巧，以及战斗中使用钩爪（战斗系统中打出连招的方式），然后在佣兵村里遇到了伊拉成员——「义经」和他的异刃——「神威」，发生战斗打败义经。
战斗过后，凡达姆说他在英维迪亚的首都有一个认识的人，能带他们去乐园，一行人决定去首都。
半路上杀出个「齐格」和他的异刃「彩歌」，这家伙很强，不过是个逗逼，用大招坎在地上，把地面震碎了掉了下去……
到了首都的剧院，找到了「考尔」，考尔愿意帮助，但是因为身体不好，让他们等一天。可是灭和义经也来了，想让考尔帮他们，考尔拒绝了，但是小女孩担心爷爷的身体，觉得他们能救爷爷，就被带走了。
晚上睡觉的时候，灭也出现在记忆中的乐园里，灭说小女孩在他手上，让焰一个人去到她诞生的地方。
众人半夜发现焰不见后，一起去寻找，考尔说可能在天之圣杯觉醒的地方——「卡拉姆遗迹」。
焰和灭在遗迹里战斗，因为没有御刃者，焰打不过，莱克斯一行人赶到，开始团战。
义经的异刃能切断空气中以太的流动，异刃和御刃者能量的来源就被切断了，众人打不过，义经说出他们的目的是消灭所有人。
当他们想带走焰时，凡达姆的异刃朱雀飞在天上打（在领域范围外发动攻击），但是这样又打不中，凡达姆把异刃的武器直接插入肋下，将武器里剩下的能量直接输入体内，这样就和以太流动没什么关系了。
虽然变得挺强，打了一会，还是被灭给弄死了（泪目……），朱雀也重新变为了核心，莱克斯很愤怒，砍向灭，但差点被反杀，千钧一发之际，高达…哦不，「光」出现了（光和焰是一个人，焰是光创造的一个人格，相当于属性切换）。
光确实牛皮，救下了莱克斯，使用「因果律预测」（将未来发生的事情可视化，预测出手情况），打败灭和义经，还把义经的异刃打回成水晶，最后灭和义经撤退。
第四章——天之圣杯
众人就地埋葬了凡达姆，询问焰变身的事情，光切换出来指责了莱克斯一顿（你为啥要唤醒我巴拉巴拉……）。
然后焰告诉大家她和灭都是天之圣杯，是有一个人想见到神，攀上了世界树去到乐园，虽然没见到神，但是把当时还是核心水晶焰和灭拿了回去，回去之后他把灭唤醒，灭开始毁灭世界。
为了打倒灭，光答应了英雄「阿德尔」的请求而觉醒，最后打倒了灭，但是光看到了战争的惨样，封印了力量变成焰，并且沉睡，阿德尔把焰藏在船里，沉到云海深处（结果被莱克斯唤醒了）。
后来考尔把自己的武器——一把匕首，给了莱克斯，让他们去阿卡狄亚找他的御刃者，原来考尔是食人种（融合了人类细胞的异刃，所以会变老），也经历过圣杯大战。
众人来到斯佩比亚帝国，遇到了他爷爷的助手——「木依木依」，算是虎的熟人，然后大家回到旅店泡温泉，休息完后听到外面有动静，发现了另一个人造异刃——「菊」，是虎的爷爷和爸爸的作品，打了一场后菊跑走了。
回去的路上，又遇到了梅勒芙，梅勒芙以为是他们引起的骚乱，没听解释就打了起来，不过梅勒芙又输了（太惨了……），这时候暗中调查的侦探跑出来说不是他们干的，这才解开了误会，并且双方表示暂时合作。
调查后找到了菊藏身的地方——一个秘密工厂，去的路上又遇到了齐格，这个逗逼又放大招，搞得一个大石头滚了下来，把自己给弄飞了……
到了工厂，虎找到了他爸爸，发现木依木依是当年出卖研究所情报的人，导致他爷爷被杀，他爸爸也被胁迫在工厂里工作，而幕后黑手就是商会的老大——「巴恩」（就是刚开始莱克斯接到任务的商会老大）。
然后和菊打架，打完后追击巴恩和木依木依，他们根据菊的设计图建造了一个巨大的人造异刃——「樱」，然后又是打架，花通过菊的以太炉的能量进行点火，获得了新的形态——「JK」（不是制服），然后打败了樱。
打完后巴恩跑了，众人追到了巴尔吉港口，遇到了「弁庆」和「佐田彦」，伊拉的两个成员，原来他们是买主，然后就打了起来，打着打着梅勒芙来了，加入了莱克斯一方，最后打赢了他们，并且通过光的力量把他们的异刃打回成核心水晶。
弁庆很生气，爆发出了超强的力量，结果被跑来的教廷的女神——「芳」的能力给压制了，佐田彦带着弁庆撤退。
伊拉这边，真对着冰块里的「劳拉」说话。
第五章——枷锁
回忆：500年前，反抗军营地里，阿尔德和劳拉——「霞」（当时的芳）的御刃者在进行战斗训练，义经和迦具土也在。
先前芳告诉莱克斯教皇「麦佩尼」想和他见面，并且原来麦佩尼就是灭的御刃者，也是考尔的御刃者，莱克斯坐船前往教廷。
在船上，光去和芳搭话，知道芳是麦佩尼的异刃，也发现了芳的核心水晶有问题。
莱克斯登一行人来到了利贝拉里塔斯岛屿群，梅勒芙作为斯佩比亚皇帝的钦差，也与他们同行，莱克斯的故乡弥先村也在这里，便回去转了转。
之后继续前往阿卡狄亚，又遇到了齐格，梅勒芙选择不参战，剩下的人被他一招秒了，经梅勒芙解说，原来他是洛修利亚王族第一王子——雷轰之齐格，之前都是为了帮教廷测试莱克斯他们而已，然后，一不小心掉下了云海……
众人到了阿卡狄亚见到麦佩尼，麦佩尼表示愿意帮他们前往乐园，不过莱克斯在麦佩尼身上看到了灭的影子。
与此同时，「檀佩兰提亚」遭到攻击，真抢了巨神兽兵器，向英维迪亚开战。众人马上赶往檀佩兰提亚，和真发生战斗，真说劳拉的死是因为光陷入沉睡造成的，同时露出了额头的核心水晶，众人感觉很怪异。
真很牛逼，被称为史上最强异刃，虽然芳有压制异刃的能力，但也限制不了真，最后芳被真捅死了，不过她却没有变成核心水晶。真表示他觉得异刃不应该被管理，所以才战斗。但是真突然头疼，没继续打下去，被赶来的义经救走了。
檀佩兰提亚是斯佩比亚和英维迪亚之间的政治缓冲区，即双方约定的非武装地区，英维迪亚认为这件事是斯佩比亚干的，想要开战，斯佩比亚也开始炮击准备了，关键时刻，麦佩尼带着整个阿卡狄亚来到战场。
第六章——伤痕
回忆：小女孩（劳拉）碰了父亲偷来的核心水晶，调谐诞生了真，父亲想要杀她，让核心水晶变回去，被真杀了。
战场这边，因为教皇的出面，阻止了战争，两国首脑坐下来商量。然后说是灭那一方做的，齐格和光作证，光表示灭可能是以前的大战中受伤，机能有问题，不然早就用圣杯的力量了，他想恢复力量，消灭人类。
然后是芳的国葬，尼娅好奇她为什么没变回核心水晶，光也觉得奇怪，讲道理除非成为食人种，不然不会出现这种情况，然后光说芳的核心水晶应该是个菱形，但现在是个三角形，下面的部分没有了，怀疑是被人夺走了。
麦佩尼告诉众人因为海蛇造成的大空洞，让他们去不了世界树，海蛇是天之圣杯的仆从，而光说海蛇在500年前的战斗中沉入云海了，是有人让它再生了。原来是洛修利亚给海蛇赋予的使命，让任何人不能靠近世界树，灭他们肯定要去解除神圣锁链，一行人前往洛修利亚。
在去之前，接到消息说商会前会长巴恩要对首脑会谈下手，在饭菜中下毒，莱克斯他们跑去把厨师揍了一顿，却发现他们真的只是厨师。
这时候突然有爆炸，巴恩驾驶着GREAT樱想要杀死两国首脑，莱克斯他们赶到，打败了巴恩，巴恩启动了GREAT樱的自曝，斯佩比亚国王的异刃——「绵津见」，打开了防护罩，可是国王却想要夺取巴恩手上的遥控器跑了出去，卒，绵津见也变回核心。
尼娅让白虎引开众人，变身救了国王，众人跟着白虎没发现有什么白虎说的异样，又折了回来，发现国王复活了，尼娅说只是做了个简单的心肺复苏糊弄了过去。
国王让梅勒芙与莱克斯他们同行，护卫他们平安到达洛修利亚，还把绵锦见的核心给了梅勒芙，原来梅勒芙是国王父亲的弟弟的女儿，梅勒芙从小被当作男的养，本来是要继承王位的（玩到这我才发现梅勒芙是女的……）。
一行人来到位于巨神兽玄武身上的洛修利亚，结果直接被国王抓了起来，表示要消灭天之圣杯。
莱克斯他们逃出牢房，准备去救焰，碰到了准备救他们的齐格（齐格因为是王子没别抓）。众人打打打……然后把以太加速器打偏，合力救下了焰，国王也开始述说真相。
其实洛修利亚王族并不是英雄阿德尔的血脉后裔，只是在伊拉的旁系，趁着战后混乱，获取了王族的地位（相当于篡位者），利用阿德尔的名声在施政。
这时因为刚才准备消灭天之圣杯的以太加速器启动过了，玄武承受不住，会潜入云海底部，越潜越深，然后因为压力的增大，所有人都会被压扁，焰表示想试试能不能修好控制玄武的三圣颂锁链，众人出发。
然后一路跑跑跑……找到了，修好，准备走的时候，遇上了来抢锁链的义经，弁庆，佐田彦，原来他们本身也是食人种，之前异刃被打回核心水晶也没事。
虽然三人没打过，但是真和灭赶到了，灭在一旁观战没动手，但是真已经足够厉害了，变身秒了其他人，真的力量是操纵所有基本粒子，能把自己的肉体加速到光速，即使光能预测未来，但是行动跟不上，也是打不过他的。
光被打回成了焰，莱克斯手上的剑也碎了，焰以自杀要挟，让他们放了众人，达成一致之后焰和锁链被带走。
第七章——崭新的利剑
焰被带走了，剑也碎了，莱克斯提不起精神，被众人打了一顿后清醒了。
洛修利亚国王召集众人，告诉众人教廷知道他们并非阿德尔血脉的秘密，通过每年供奉一定的核心水晶，这样教廷就默许了。天之圣杯觉醒后，教廷逼迫他们交出神圣锁链，否则就将洛修利亚的历史公之于众，所以才想把天之圣杯给消灭了。
洛修利亚国王还说存在着天之圣杯第三之剑，不过不知道在哪，这时候青龙爷爷问莱克斯你有觉悟了吗，原来他早就知道剑的位置（也不早说）。
一行人回到莱克斯的老家弥先村，原来这是阿德尔当时建立的村子，青龙爷爷一直在这守护着。
插曲：灭想通过焰来修复自己破碎的核心水晶。
然后众人来到封印剑的灵洞，发现这里有压制异刃的能力，异刃都感到很难受，以此引出了齐格和彩歌的故事，也为尼娅的事埋下了伏笔。
一次齐格受伤后快死了，彩歌不想变回核心水晶失去记忆，路遇麦佩尼被救了，麦佩尼把彩歌的核心水晶分了一半给齐格，所以齐格也算是异刃。
尼娅一开始是异刃而不是人类，她爸移植了他女儿的一部分，让她成为了食人种，当成女儿来养。后来她爸死后尼娅因为食人种的身份被人追杀，后来被真给救了，于是一直跟着真。
然后在和阿德尔幻影战斗中，尼娅为了救莱克斯，展示出了她真实的身份。尼娅：“我最喜欢你了，莱克斯”，莱克斯：“我也很喜欢你，尼娅……我喜欢尼娅，还有大家”（你这算个啥）。
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打完后莱克斯在田野里见到阿德尔，阿德尔说当他接纳了天之圣杯的一切时，就能成为她真正的御刃者。
回到现实，莱克斯去拿第三把剑，结果第三把剑消失了，哦，原来真正需要的东西并不是剑啊（打了半天就为了这，啥玩意儿）。
一行人去莫尔斯断崖救焰，灭把焰的力量抽走了，还召唤了海蛇。莱克斯一群人路上遇到了灭，灭有将一切物质消灭的力量，而尼娅的力量是使生命再生，刚好相克，结果灭被打得掉下了悬崖（这么菜的吗）。
一行人来到戈托里库斯神托遗迹，灭又突然出现了，表示天之圣杯没那么容易挂掉。真和灭与莱克斯一方战斗，众人打不过，千钧一发之际，「焰」苏醒，天之圣杯真正的样子（高达……）出现了。
打着打着灭召唤了海蛇，焰这边召唤了塞壬的本体，两个机器人打了起来，把断崖轰烂了，所有人都掉了下去。
第八章——世界树
光醒来时发现自己枕在莱克斯腿上，原来他们掉到了云海底部——「莫尔斯之地」，两人出发寻找其他人。
找着找着遇到了真，真正在和一个怪物打斗，可是之前战斗受了伤，现在打不过，莱克斯出手救了他。原本以为击败怪物就结束了，可是怪物突然又复活了，这时花、迦具土和青龙爷爷出现，打死了怪物，表示要完全烧毁或者打掉核心水晶才行。
真晕倒了，焰救助时发现他的心脏是人类的心脏，真原来是食人种。真醒来后说灭曾经告诉他，莫尔斯是幽界诞生之前毁灭的大地，是神出生的地方。双方暂时合作先出去再说。
众人走着走着发现了伊拉的巨神兽之胎，原来异刃的生命也并非永恒，巨神兽在体内生成核心水晶，核心水晶变成异刃，当异刃的生命之火燃尽时，将回归其出生的巨神兽，然后最终自己也变成巨神兽，就是无限的轮回……
真说真正毁灭伊拉的不是天之圣杯，而是教廷，当初麦佩尼畏惧天之圣杯的力量，在灭消失后，想要将天之圣杯连同伊拉的残党一起抹杀，在教廷的追杀下，劳拉快死之时，真吃了劳拉（应该是心脏？），成为食人种。
而麦佩尼的真正目的是得到神的力量，将异刃和巨神兽从世界上消失。真他们的目的则是消灭人类、消灭世界，然后再消灭神。
聊天时出现了一个恶魔之王异形怪，发生战斗，打不过时剩下几个掉下来的人赶到，一起合力打败了它。莱克斯在地上发现了异形怪掉落的名牌，好像暗示着什么。
伊拉的一行人开着独角鲸号来救真，看到真和莱克斯他们一起，本来想直接一网打尽的，不过真不让他们出手。
真走后，众人沿着世界树爬上去。到了世界树内部后，发现世界树其实是一个人造的塔，外面缠绕着巨大植物而已，然后，就可以坐电梯上去了（不过不是直达，还要换乘）……
回忆：麦佩尼的母亲被士兵杀害，麦佩尼杀死了士兵。
阿卡狄亚出现在世界树旁，攻击伊拉一行人的船，双方发生战斗。
众人坐电梯往上时，听到外面有爆炸声，到外围一看，是伊拉的重战舰（就伊拉一行人）和阿卡狄亚在战斗。
回忆：麦佩尼想调谐焰，灭说他控制不了她，并且告诉他是来跟他道别的，灭说想实现麦佩尼灭亡人类的愿望，灭离开后，麦佩尼想去找到能驾驭天之圣杯的人，把灭消灭。
一行人继续往上爬时，被教廷的人拦了下来，下达麦佩尼的命令，让莱克斯用天之圣杯的力量把伊拉的战舰毁了，莱克斯拒绝了，众人与教廷的人发生战斗。
战斗过后，几个异刃都感到不适，麦佩尼的投影出现，原来是他夺走了芳的核心水晶，所以他也拥有了压制异刃的力量，并且还控制了光，让光给仆从（就天上的机器人）下达指令，攻击伊拉的战舰。
灭告诉伊拉一行人，麦佩尼是他的御刃者，如果他的力量得到增幅，连光也能纳入控制，所以才能间接操控仆从，麦佩尼自己也说，现在的他甚至能控制巨神兽。
还好灭早有准备，让佐田做了很多飞行机器人，这样就不会受麦佩尼控制了。灭和真进入世界树，佐田（佐田彦），义经，弁庆留守。
麦佩尼又想控制光，青龙爷爷和众人说力量取决于使用者，他也是天之圣杯的御刃者，他也能控制这股力量，于是主角大吼一声（又开挂了），一顿动画效果后，异刃恢复了行动能力。
一行人准备去追灭和真，麦佩尼直接召唤大型巨神兽。
第九章——雨
大型巨神兽加入战斗，同时也攻击世界树，佐田让义经和弁庆去保护真他们，准备一个人去战斗，临走前还和弁庆表了个白。
（佐田真的是个天才，他做的机器人可以变身成高达，青龙爷爷说简直和巨神兽一样）佐田驾驶着他的机器人和阿卡狄亚战斗，麦佩尼想控制佐田和他的机器人，结果失败了。
麦佩尼才知道佐田是食人种，原来佐田是教廷开发食人种时的幸存者。虽然佐田的机器人很厉害，但耐不住麦佩尼控制了大型巨神兽，打着打着就腹背受敌。
莱克斯一行人想停止巨神兽们的战斗，注意到阿卡狄亚上的增幅塔，如果毁了增幅塔，麦佩尼就无法再控制巨神兽了（减弱wifi信号）。
在花的帮助下（花可以飞），莱克斯和光成功打掉了增幅塔，大型巨神兽们终于停止了攻击。
麦佩尼很生气，控制阿卡狄亚攻击莱克斯一行人，危急之际，佐田帮忙挡了一下，并让莱克斯他们快去追真他们，自己独自与麦佩尼战斗（帅爆），可惜还是不敌，被阿卡狄亚一口喷没了，生死之间，看到了过去的回忆，原来是劳拉和真救了废墟中的佐田。
快到顶时，真停下来，留在了那一层，让灭一个人去完成他想做的事。
回忆：真和劳拉一起到了真过于住过的地方，真看到了自己的日记，也是这时，知道了成为食人种能让记忆保留，不会在御刃者死后变为核心。
莱克斯一行人到达真所在的地方，被拦了去路并且发生战斗，在主角的一番长篇大论下，真终于悟了，不过因为身体不好，快不行了样子，义经和弁庆赶到，以为莱克斯要杀了真，出手阻止，被真拦了下来。
弁庆让尼娅帮忙治疗一下真，自己先回去为真的治疗做准备，结果被突然出现的麦佩尼弄死了，随即被吞噬。原来麦佩尼一直就是为了从异刃身上得到核心，才开始的“洗礼”（现在变成了章鱼博士的样子）。
焰也发现原来是因为麦佩尼的影响，灭才执着于消灭世界的。
义经跑过去看弁庆的尸体，陷入回忆：义经和弁庆被真所救，他们之前的御刃者是兄妹，他们变成了食人种后，因为身体里寄宿着御刃者的肉体，所以义经也把自己和弁庆称为兄妹。
回忆过后，义经对麦佩尼出手，结果反被抓住，众人想救却没救下，义经的水晶被夺，就此凉凉。
一行人与麦佩尼进行战斗，终于打败了他，麦佩尼虽然受了重伤，但想毁坏世界树，最终真耗费了所有力量把麦佩尼送死了，随后自己也消逝。
最终章——于是 少年遇到了少女
回忆：20XX年，太空轨道塔，第一轨道站——拉达曼迪斯，因为中单，轨道环整体的地转偏向力发生偏差，一群人正在想办法修复，与此同时，正在与反政府军发生着战斗。局长启动「永劫」，准备「gate」（门），然而gate的管理权限被全权委任给了克劳乌斯博士，他们无法访问。另一个房间里，克劳乌斯博士正在启动眼前的东西。
灭见到了神，客套了一会后想要杀死神，却无法伤到他，神说他活不久了，不用急于一时，灭问完后走了。
众人到达乐园，却看到一副荒凉的景色，与想象中的乐园完全不同。这里和莫尔斯之地差不多，也是一座城镇，想必过去有不少人居住吧。
众人听到钟声，随着声音来到老旧教会，并随着指引进入了类似地下室的地方。走着走着莱克斯周围的人突然消失了，随后见到了尼娅白虎、梅勒芙迦具土、虎花齐格彩歌，并且发生战斗，随后又看到了青龙爷爷、回到了弥先村等等。
原来这一些都是幻境，每个人都遇到了这样的幻境，这时神出现了，是他想看看众人内心的模样。
神说他叫克劳乌斯，是这个世界的创造者。
在过去，曾因生存发生战斗，从地上打到天上，克劳乌斯对人类感到绝望，向外部寻求解决方法。
有一天他遇到了gate，虽然不知道gate为什么出现，但是这却带来了另一种可能性。世界并不只有一个，许多世界重合并共存着，且无法感知到彼此的存在（平行宇宙？），gate是联结多重世界的物质。
克劳乌斯打开了gate，认为这可以改变世界，结果让人和事物都消失在遥远的次元之中，遗留下来的就是莫尔斯之地，他的一半身体也存在于某个次元最后之中，那一半身体也坚持不了多久了。
神——现在的克劳乌斯
他想要世界再生，便创造了云海、核心水晶等等，后来衍生成了新的世界、人类。然而克劳乌斯怕重蹈覆辙，这个新的世界又会出现像他一样的人，
为了消除疑虑，他又创造了异刃，并将异刃的管理交给了三位一体处理器中的「理性」和「灵魂」（「本质」随时空转移消失了），这两个就是天之圣杯灭（然而理性并不理性）和焰，他们收到异刃的情报，返还进化的代码，诞生新的异刃，异刃变成巨神兽，创造新的生命体，这一个过程就是生命记忆的循环。
克劳乌斯说仍然有一些幸存者，就是莫尔斯之地的怪物，所以莱克斯之前能看到异形怪有名牌掉落。
克劳乌斯根据收集的情报得出结论——现在的人类和曾经的人类没有任何区别，也就没有阻止麦佩尼登上世界树，带走理性和灵魂，甚至是他们想要毁灭世界的事。
而莱克斯和焰完成了原本不可能的调谐，以及共享生命，同时一直沉默的gate又启动了，莱克斯他们使用的力量正是来自gate，也许世界会有所改变。
这时灭控制空中的仆从攻击他们，神将一切情报和权限都转移给了焰，让他们去阻止灭。
众人去到永劫（为了破坏世界而造出的高达……哦不……仆从）机库，与灭一战，最终将驾驶永劫的灭打败。
战斗结束后，克劳乌斯死去，gate也消失了，失去了gate后，维持乐园的力量没有了，世界树开始崩塌，落到幽界后将毁灭世界。
焰骗他们点燃推进器，让世界树加速至轨道上方就能拯救世界了，众人立马赶往推进器所在处，临走时，焰叫出了青龙和花，跟他们说了些话，并给了青龙一些力量。
众人到达推进器所在的地方，却发现是个港口，原来是焰想让他们通过逃生舱离开，自己通过永劫最后的力量，将整棵世界树毁灭。
莱克斯想带着焰一起走，焰却打断了桥，花也因为答应了焰而选择不帮助莱克斯，在众人的劝说下，只能离开了。
焰把生命都传给了莱克斯，核心水晶从莱克斯胸前脱落，莱克斯一行人乘坐逃生舱离开，焰也回去操控永劫消灭世界树。
逃生舱还没降落到云海的时候就坏了，众人掉了下去，这时青龙爷爷因为刚才焰的帮助，恢复到了成年的形态，带着大家安全回到幽界。
不过此时巨神兽都不见了，众人以为世界毁灭，只剩废墟。
穿过一片龟裂后，来到茫茫大海，大型巨神兽纷纷降落，并融合在一起，化成了新的陆地，原来这就是克劳乌斯最后所做的事，世界再生了！
彩蛋：青龙在大海上翱翔，众人躺在他的背上，成双成对，只有莱克斯是一个人，突然手中的核心水晶开始闪烁，一阵亮光后，焰和光以独立的个体出现在众人眼前——于是少年遇到了少女。
都看到这了，不给我点个赞吗
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