第一章 初到洗翠地区
受到阿尔宙斯的召唤，我们穿越回到洗翠地区（也就是古代的神奥地区）
醒来后遇到博士与御三家（木木枭、火球鼠、水水獭），之后御三家逃跑。博士给了我们50个精灵球去将这三只宝可梦捕捉回来。
捕捉比较简单，按住ZR键出现准星，松开就是抛出精灵球。
捕捉完成后，博士带领我们去往村子，博士要去报告，让我们在食堂门口等他。在食堂门口遇到明耀，之后博士报告完后来到食堂，想让我们加入调查组。
起初明耀还反对让我们加入调查队，这时银河队调查组组长星月出现允许我们加入调查组，但前提是要通过考验，具体考验是什么内容要等到明天来找星月了。
星月走后，我们与明耀博士一起吃饭，估计考验的内容大概就是捕捉宝可梦，饭后回到宿舍住宿，在宿舍里我们可以睡觉休息，也可以存储道具，还可以换装哦～
夜晚，天冠山上的裂缝发出了巨雷，但也不清楚具体发生了什么，一夜就这么过去了。
第二天来到星月的办公室，考验任务为捕捉大牙狸、姆克儿以及小猫怪。
博士让我们挑选御三家中的一只宝可梦作为我们的搭档从而顺利完成考验，我选择了水水獭
来到村口遇到望罗，他是银杏队商人，对于遗迹之类的非常感兴趣，看样貌是竹兰的祖先。
他想与我们对战，他的宝可梦为LV5的波克比
第二章 探索黑曜原野
击败后我们就来到黑曜原野，捕捉比较简单，像大牙狸这种宝可梦基本不会跑，直接丢球就行，姆克儿这种的我们需要按B藏在草丛里丢球，小电狮性格暴躁，被发现就会触发攻击我们，此时不能捕捉，需要我们丢出宝可梦与其对战，体力变少后捕捉。
完成任务后回去向星月复命，她会给我们调查组服装
既然入队了，我们就去三楼拜见银河队的老大马加木队长
出来后与明耀学习道具制作，在野外收集的道具可以用来合成我们冒险所需的用品。之后博士会给我们图鉴，就可以开启我们的宝可梦收服之旅了。与博士明耀再次来到黑曜原野跟随明耀学习相关操作。之后继续捕捉宝可梦，完成课题研究，达到一星后完成任务。
回去找星月，被授予为1星队员，等级20级以内的宝可梦会听我们的话。
第二天来到训练场找到明耀，触发战斗，明耀的宝可梦为9级的皮卡丘
之后继续来到黑曜原野，去寻找金刚队的阿米，与她的LV10小卡比兽发生战斗，之前通过不过去的桥现在就可以过去了
接受阿米的委托，按照地图指引来到角鹿高岗与暴乱的头目音箱蟋战斗，之后回到村庄。
第三章 安抚斧劈螳螂
次日醒来遇到钢石和珠贝（金刚队伍追寻的是帝牙鲁卡，珍珠队伍追寻的是帕鲁琪亚）。之后我们来到三楼找到马加木，得知钢石和珠贝与马加木因为森林王斧劈螳螂暴躁的事情而议论，之后马加木将调查斧劈螳螂的任务交给我们这个银河队的新人。
与星月确认任务后，来到黑曜原野按照指示找到菊伊，他告诉我们斧劈螳螂的暴动可能是因为雷劈的原因。为了让我们放弃，需要与菊伊战斗展示我们的实力，对手的宝可梦为LV15的黏黏宝。
斧劈螳螂为珍珠队供奉的宝可梦，本来珠贝和珍珠队是不想让外人来插手处理斧劈螳螂的事情，但为了大局考虑也希望我们能帮忙处理。之后我们先通过传送回到营地将此事向博士汇报。之后我们回去与菊伊等人制作安抚情绪的放松包。
再次来到黑曜原野后，刚石说诡角鹿愿意助我们一臂之力，之后我们就可以骑乘诡角鹿了。
来到斧劈螳螂的位置，触发战斗，通过丢弃镇宝来降低斧劈螳螂的暴动值，注意闪避就很容易击败。
安抚后得知裂缝发出的雷就是造成斧劈螳螂暴动的原因，回到村子向队长马加木复明。
第四章 非“王”宝可梦月月熊的暴动
次日再次来到银河队，从火夏和马加木对话中得知月月熊也发生了暴动，我们需要去进行安抚。
我们先去向直属领导星月汇报大领导的任务，星月要求我们先将等级升为二星后才能去红莲湿地，完成课题后找星月升星。
准备出村庄，遇到明耀挑战，为LV19魔尼尼和LV20皮卡丘。战胜后来到红莲湿地，先来到遗迹遇到珍珠队的夕蒲
喜欢遗迹的望罗也来到遗迹向我们发起挑战，宝可梦为LV22波克比和LV22圆陆鲨，得知遗迹的石板被著名大盗野贼三姐妹所偷窃，委托我们去找回石板。
出遗迹右转找到三姐妹，对手宝可梦为LV23毒骷蛙，击败后回到遗迹。
之后夕蒲让我们去泥炭台地去找月月熊，月月熊并没有像斧劈螳螂那样身上有着金色的光芒，击败月月熊后会成为我们的坐骑，在博士那里可以追加未知图腾的图鉴，之后回村庄。
第五章 山道女王的暴动---裙儿小姐
来到队长办公室，得知裙儿小姐正在暴动，但眼下最重要的是火夏失踪了，我们需要去红莲湿地利用月月熊的气味能力去找到火夏。
找到受伤的火夏，得知月月熊的暴动是因为嗅到了裙儿小姐的气味而引起的。
于是我们去平抚裙儿小姐，注意躲避攻击波就可以，平抚后回村向马加木复命。
第六章 继承王位的风速狗
回村后先与马加木前往起始海滩，之后回到村庄找到马加木，他会安排我们去下个区域---群青海岸，但同样要求我们将星级提升为三星。
来到群青海岸后先与珠贝发生战斗，对手宝可梦为LV30冰伊布和伊布。之后先找到瓜娜，我们需要去往吹火岛，但穿过大海我们需要幽尾玄鱼的帮助，因此我们需要去找阿芒，他在长尾怪手的山上。
找到后阿芒告诉我们还需要捕捉仿徨夜灵，用它的恶之波动来让食物变得有味道。仿徨夜灵在夜晚的鬼枯原可以捕捉到。捕捉后就可以骑乘幽尾玄鱼了。
来到吹火岛后，瓜娜大一点的卡蒂狗被野贼三姐妹所抢走，出于对同伴的保护，另一只卡蒂狗完成进化。
正好裂缝中的雷光击中了风速狗发出了金光，风速狗也变暴动了！
我们赶紧去安抚，之后回去复命！
第七章 洞窟王顽皮雷弹
马加木又让我们去镇抚洞窟王顽皮雷弹
场主木春对于我们的插手非常反感，看来镇抚顽皮雷弹有点有点困难了，谈完后出门与刚石战斗，为LV36叶伊布，向木春展示我们的实力。
之后还是老规矩，要升到四星才能够去往新地区。去往天冠山遇到北尚，从对话中得知北尚也是穿越过来的？？？他会指引我们如何上山。之后遇到木春，他表示作为王暴动才是正常的。来到山下北尚想与我们对战，对战胜利后他会把大狃拉托付给我们，这样我们就可以爬山了。
在山上遇到木春，宝可梦为LV44坦克臭鼬，战胜后挑战顽皮雷弹，注意躲避范围爆炸就够了。击败后回去向马加木复命。
第八章 最后的王冰岩怪
找到马加木会让我们去镇抚冰岩怪，同样是要先把星级升到5星。
去往冰原冻土之前明耀会在村口等我们对战，之后去往冰原冻土，遇到刚石和珠贝，珠贝让我们先去拜访滨廉，找到后发生战斗LV48冰鬼护。
冰岩怪所在的地方我们上不去，需要利用勇士雄鹰从空中过去。
我们需要与山葵玩捉迷藏，现在野外追寻
之后来到神殿，神殿需要按照顺序来输入，分别是
1. 岩钢冰
2. 冰岩钢岩冰
3. 钢冰岩冰钢岩
之后与山葵对战，宝可梦为LV50超甲狂犀，之后在与LV54的勇士雄鹰对战，让其见识我们的实力。接下来就可以乘坐勇士雄鹰了
之后让勇士雄鹰载着我们来到冰岩怪的所在地，进行挑战。要躲避好冰球和冰柱坠击，体型大比较好命中，但不能近身。
抚平后回去向马加木复命。
第九章 根源
本以为所有王的暴动处理后世界会变得平静一些，没想到天空染成了红色。
马加木将问题的原因怪罪于我们的出现，为了平息众人的怨恨，我们只好离开村庄去查询问题的根源。来到黑曜原野，通过望罗的介绍我们认识了吾思，要去防止这件事发生的人就是我们的！吾思告诉我们要去三个湖泊找到三圣菇，让他们授予我们东西去云雾遗迹获得红色锁链或许就可以连接世界。
之后刚石珠贝出现愿意助我们一臂之力，我们选择了珠贝，那么我们就去往三个湖泊吧！
先去黑曜原野的心齐湖，守护宝可梦为LV58的黏美龙，可以捕捉，之后艾姆利多出现，回答问题后可以取得艾姆利多之翅
之后再去纯白冻土睿智湖，守护宝可梦为索罗亚克可以捕捉，之后由克希出现，要回答问题，是关于宝可梦眼镜的问题，答案为60131，取得由克希之爪。
最后去红莲湿地的立志湖，守护宝可梦为大针豚，之后亚克诺姆出现，要丢球砸他，他会让我们砸不到它，所以不要灰心打不到，它只是在考验我们的意志力。
第十章 守护
之后去云雾遗迹，三圣菇会帮我们做出红色锁链。之后去天冠山，在洞窟遇到石月，他表面上是名老头，实际上是保护马加木的忍者护卫，击败他，他的宝可梦为LV59梦妖魔、LV59大狃拉、LV60沙奈朵、LV60艾路雷朵。
来到山顶遇到马加木，发生战斗，宝可梦为LV61勇士雄鹰、LV61隆隆岩、LV62卡比兽、LV61皮可西
之后帕鲁奇亚从时空裂缝中出现（可以捕捉），这个出现是根据当时选择刚石或珠贝的帮忙来决定的，珠贝为帕鲁奇亚，刚石为帝牙卢卡。
之后帝牙卢卡出现，但是我们的红色锁链由于对付帕鲁奇亚已经碎掉了，所以我们先逃离了现场。
为了能够捕捉帝牙卢卡，我们需要制造更强力的精灵球，这就需要去太古洞穴挖掘起源矿石。
在洞穴击败三姐妹取得起源矿石后回到村庄，明耀帮我们制作了精灵球。
再次来到天冠山顶，由于裂缝的作用，帝牙卢卡变成了远古形态，同样是丢包打他，之后用做好的精灵球完成捕捉！
之后天空变回了原样，一周目完结！！！
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