由于十三机兵防卫圈特别的叙述方式，导致按照流程游玩下来之后会感到各种不连贯之处，这里将会对剧情做一个大致的梳理，并对一些剧情里没有深入展开的部分谈谈个人的一些想法。（本文的名词翻译都来自于简体中文版）
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首先梳理的是现实世界的故事线
通关本作的玩家都知道，本作主要的剧情发展都是在虚拟世界中展开的，但谈及虚拟世界，就不得不先谈到这个虚拟世界的诞生过程。
现实世界的时间线可以分为这么几个阶段
22世纪
2187-2188年
2188年后的2000万年
再之后的5000年
2188年间主要人物关系图
22世纪，人类科学技术快速发展，但随着一种名为皮下纳米终端技术的出现，人类面临灭亡。游戏中并没有详细说明人类是如何灭亡的，只说明了由于森村千寻为了筹资而暗中出售的纳米机械技术导致地球遭到污染，而将人类推向了灭亡，猜测这里也许会推出对应的前传小说（乐园追放）。
皮下纳米终端
2187年，科学家们为了使人类的火种存留下去，提出了方舟计划，当然计划可能是更早时间就已经在筹备了，但也有反对这个计划的人存在（绪方稔二），方舟计划是希望通过发射无数台载有15人基因的探测机到地球附近的宜居星球，当抵达合适的星球时便会同时对该星球进行地球化改造并培养这15人基因，让他们在新的地球繁衍生息的计划。
方舟计划
但在2188年，由于空间殖民站能源分配不均的问题，仅存的人类之间爆发了冲突，冲突的结果是仅有比治山隆俊、东云谅子和井田铁也三人存活。比治山由于受伤严重，不久之后便死去了。另一方面可能就是在在这段时间，东云发现自己被井田所利用，进而对人类感到绝望（致敬江之岛盾子？），在方舟计划的虚拟空间程序中植入了用重工机械镇压所有扇区的程序，这也就是本作一切的起源。
随后2000万年过去了，在无数台探测机之中，有一架探测机在距地球1200光年的星系中找到了合适的星球，开始了地球化的进程。随着新行星地球化的完成，探测机开始在设施区域使用15人的基因进行克隆，创造了五个虚拟的世界，也就是游戏中的“扇区1-扇区5”。
扇区地图
按照方舟计划，这15人将在虚拟世界中生活20年，随后平安无事地踏上新的地球。然而由于东云谅子植入的程序，导致了计划的每当临近最终阶段时就会被重工机械（也就是游戏中的戴莫斯）所镇压，进而重置。
不论是多么先进的材料，总有一天会被侵蚀毁坏，就这样5000年过去了，其中的循环可能也进行了300多次，而下一次循环之时，整个设施就会被重建。
设施区域
如果以通关一款游戏来看待的话就是，你尽管一款游戏玩了300多周目，存档是你的，机器也是原先那一台，但过了那么多年，机器也会有老化的一天，下一次你再通关，这台机器就会报废，换上一台新的机器了。
游戏中表现的形式应该是，从地球化完成那一刻起，15人就已经在培养器中培养了，但由于5000年间都迟迟未能到达第20年的循环，因此培养器中的15人就这样沉睡了5000年，如果再一次失败的话，就会重建设施，15人就不再是之前的15人了。
这让我想到这么一个悖论，公元1世纪的时候普鲁塔克提出一个问题：如果忒修斯的船上的木头被逐渐替换，直到所有的木头都不是原来的木头，那这艘船还是原来的那艘船吗？而除了这个以外，十三机兵中还在讨论有了情感与思想的ai又与克隆的人类有什么区别这样一个问题，个人是很难回答这个问题，如果各位有看法也可以提出来一起讨论。
总之，5000年后的最后一次循环，就是本作正篇的剧情，而15位少年少女也成功跨过了这一试炼，抵达了新世界。
之后的故事就任凭想象了，15个人在一个陌生的星球上繁衍生息的物语就这样拉开了序幕。
一些疑问
1.2188年的方舟计划是以什么样的形式选定了这15个人的？
我的想法是这里我们可以假定科学家组都是各个领域的杰出人才或者前沿大牛，为了在新世界能够快速发展科技，因此各个方面的科学家都需要。
财团组自然是靠财力进入的候选名单，一个是敷岛科技的CEO，一个是前任会长的儿子。
军人组就有点难以理解了，可能是为了男女平衡，为了设定而存在的，不过和泉与森村有说不清的关系，比治山也是冲野司的恋人，从这一层来看又能说清楚了。
最后是药师寺惠，这里可以看出来也许当时只有在这个空间殖民站中才有活着的人类了，其它的人类早已灭亡，药师寺没有被纳米机器污染，而成功被选为了方舟计划的人选。
2.为什么直到5000年设施快要老化的时候才有人发现这个虚拟世界的秘密？
我的想法是这可能是东云谅子的镇压程序有关，随着循环次数的增加，整个程序本身也会出现一些bug，本来15人是永远到达不了中枢区域的，但随着bug的增加，终于在两周期前的和泉三人那里抵达了中枢，从而开始了之后的故事。
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